Dalam menjalan tugasnya melaksanakan Tri Dharma Pergruruan Tinggi tentunya sebuah Universitas perlu dimonitoring tim penjamin mutu, sehigga mutu di universitas selalu terjaga. Universitas Pendidikan Ganesha (Undiksha) juga memiliki Penjamin mutu yang berada di bawah Lembaga Pengembangan Pembelajaran dan Penjaminan Mutu. Tugas dari PJM adalah menyusun kebijakan mutu universitas, menyusun manual mutu universitas, menyusun manual prosedur dan instruksi kerja, sosialisasi, melakukan audit mutu internal (metode AMI yang mengacu kepada hasil perpaduan antara borang BAN-PT dan Pelayanan Prima Kementerian Penertiban Aparatur Negara (PAN)), serta meminta tindakan yang bersifat kolektif dan peningkatan kualitas, serta memfasilitasi pelaksanaan penjaminan mutu untuk seluruh unit di universitas.